Milepælen velger metoder for miljøarbeid som er faglig og etisk forsvarlige, tilpasset institusjonens målgruppe, og som er forankret i allment anerkjent fagteori (Tore Andreassen), særlig sosial læringsteori (Albert Bandura) og kognitiv atferdsteori/terapi (Aaron Beck).

Erfaringslæringsmetode (Kolb) er i bruk både i forhold til ungdommer og voksne.

Tilsvarende benyttes metoder innen psykoterapi forankret i sosial læringsteori og kognitiv atferdsteori/terapi, og individuell veiledning ut fra prinsipper innen gestaltveiledning (Judith R Brown) og gruppedynamikk (strukturerte erfaringer). 

Individualterapi som inngår i Milepælens interne behandlingstilbud er vesentlig kognitiv terapi med forankring av terapeutiske mål  innen sosial læringsteori og utviklingsteori (Erikson). Slike mål kan for eksempel være:  Regulering av aggresjon;  tilegnelse av adekvate kognitive modeller, utvikling av god selvfølelse og selvtillit (minner om mestring).